میکروسکوپ های الکترونی ، دسته ای از میکروسکوپ ها هستند که به جای استفاده از نور ، از پرتوهای الکترونی (بجای عدسی نوری از لنزهای مغناطیسی ) برای تصویر سازی نمونه ها استفاده می کنن ، با این حال از قاعده آبه (مبنای علمی میزان بزرگ‌نمایی میکروسکوپ) و یا به زبان ساده تر قاعده وجود شئ در بین فاصله کانونی و دو برابر آن پیروی می کند .
میکروسکوپ الکترونی به نوعی از میکروسکوپ ها اطلاق می شود که در آن ، الکترون در ستونی نازک ، با ولتاژ و سرعت بسیار
بالا ، پس از عبور از عدسی و فیلترهای متمرکز کننده به نمونه مورد مطالعه برخورد کرده و منعکس می شود .با مطالعه پرتوهای بازتابی اطلاعات مورد نظر از ساختار نمونه حاصل می شود .
میکروسکوپ الکترونی در دو دسته اصلی میکروسکوپ الکترونی روبشی ( اساس کار : مطالعه پرتو بازتابی) و میکروسکوپ الکترونی عبوری ( اساس کار: مطالعه پرتو عبور کرده از نمونه) ساخته می شوند.
اطلاعت حاصله از مشاهدات میکروسکوپ الکترونی را می توان به اطلاعات نقشه برداری(میزان سفتی و قابلیت ارتجاعی نمونه)
زیست شناسی (نمایش شکل و سایر ذرات) ، ترکیب ( نمایش عناصر سازنده شی از قبیل نقطه ذوب، اکتیویته و …) و
بلور شناسی ( چگونگی چیده شدن اتم را در مجاورت یکدیگر) تقسیم بندی کرد .
در ساختار اولین میکروسکوپ الکترونی نیز مانند میکروسکوپ نوری شعاع الکترون از داخل مقطع بسیار نازکی عبور داده می شد و شعاع نور را از داخل نمونه مورد مطالعه عبور می داد . به دلیل عدم تراکم یکسان مواد در تمام قسمت‌های مختلف نمونه ، شاهد تفاوت در میزان الکترون عبوری در آن هستیم که نتیجه آن حصول قسمت‌های تاریک و روشن می باشد .